Στις 25 Οκτωβρίου του 1940 ο Γερμανός αντιστράτηγος Φραντς Χάλντερ, αρχηγός του γενικού επιτελείου του στρατού ξηράς, ανέφερε στον Χίτλερ ότι η κυριαρχία στην ανατολική Μεσόγειο εξαρτιόταν από την κατάληψη της Κρήτης.

Έκανε μάλιστα την εκτίμηση ότι ο καλύτερος τρόπος για να επιτευχθεί αυτό θα ήταν η εισβολή από αέρος. Τέσσερις ημέρες αργότερα, ο Ουίνστον Τσώρτσιλ ζήτησε από τους επιτελείς του να σταλούν στην Κρήτη 2 ταξιαρχίες, να κατασκευαστούν αεροδρόμια και να μετατραπεί ο όρμος της Σούδας σε βάση ανεφοδιασμού του βρετανικού στόλου της Μεσογείου.

Η σπουδαιότητα της γεωγραφικής θέσης της κατέστησε από την πρώτη περίοδο του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου την Κρήτη σε μήλο της Έριδος ανάμεσα σε Γερμανούς και συμμάχους. Τον Απρίλιο του 1941 ο Χίτλερ έδωσε την έγκριση του για την επιχείρηση με την κωδική ονομασία «Ερμής». Είχε προηγηθεί η συνάντηση του με τον αρχηγό της πολεμικής αεροπορίας, Χέρμαν Γκέρινγκ και τον πτέραρχο Κουρτ Στούντεντ, τον εμπνευστή του σχεδίου της αεροπορικής εισβολής. Ο Φύρερ εξέφρασε επιφυλάξεις προβλέποντας μεγάλες απώλειες, τελικά όμως εξέδωσε τη σχετική διαταγή, στις 25 Απριλίου 1941.

Την 20η Μαΐου ο κρητικός ουρανός σκοτείνιασε από τη ρίψη περίπου 14.000 αλεξιπτωτιστών στο νησί. Η πτώση ξεκίνησε σε δύο μέτωπα, στο αεροδρόμιο του Μάλεμε και την ευρύτερη περιοχή των Χανίων και ακολούθησαν μέσα στη μέρα το Ρέθυμνο και το Ηράκλειο. Αντικειμενικός στόχος ήταν η κατάληψη ενός εκ των αεροδρομίων του νησιού, προκειμένου να μεταφερθούν δυνάμεις από την ηπειρωτική Ελλάδα και να επιτευχθεί η κατάληψη της Κρήτης.

Οι Έλληνες στρατιώτες που είχαν παραμείνει στο νησί και οι δυνάμεις της Βρετανικής Κοινοπολιτείας (Βρετανοί, Αυστραλοί και Νεοζηλανδοί) υπερτερούσαν αριθμητικά, αλλά οι Γερμανοί πλεονεκτούσαν κατά πολύ σε οπλισμό και οργάνωση. Αυτό που δεν είχαν λογαριάσει και τους αιφνιδίασε ήταν η αντίσταση του κρητικού λαού. Ο Στούντεντ είχε υποσχεθεί μια εύκολη νίκη στον Χίτλερ, αλλά οι απώλειες ήταν βαρύτατες και σε αυτό ήταν συνυπεύθυνη η εμπλοκή του θεωρητικά άμαχου πληθυσμού. Μια απρόβλεπτη συνθήκη που εξαγρίωσε τους κατακτητές και οδήγησε στη θηριωδία της Κανδάνου. Το πρώτο χωριό στην Ευρώπη που οι Ναζί εκρίζωσαν συθέμελα, θανατώνοντας ακόμα και τα ζώα.

Μετά από δύο ημέρες σκληρών μαχών, οι Γερμανοί κατέλαβαν τελικά το αεροδρόμιο του Μάλεμε και η είσοδος των πεζικάριων από αέρος έγειρε την πλάστιγγα υπέρ τους. Στις 23 Μαιου γερμανικά στρατεύματα κατευθύνθηκαν νότια στο νομό Χανίων και το λιμάνι της Παλαιόχωρας, καταδιώκοντας συμμαχικές δυνάμεις, που αναζητούσαν διέξοδο προς τη Μέση Ανατολή. Οι κάτοικοι της Κανδάνου πήραν τη γενναία απόφαση να αντισταθούν με όποια μέσα διέθεταν και να εμποδίσουν τους Γερμανούς να περάσουν από το χωριό.

Στην πρώτη μάχη, στο κοντινό χωριό Φλώρια, σκοτώθηκαν συνολικά 17 αλεξιπτωτιστές, ανάμεσά τους και ο επικεφαλής του αποσπάσματος, ανθυπολοχαγός Χέλερ.

Η πιο σκληρή μάχη δόθηκε στο Καντανιώτικο φαράγγι, στις 24 και 25 Μαϊου. Οι κάτοικοι της Κανδάνου, του Κοντομαρίου και του Κακόπετρου πολεμούσαν ως επί το πλείστον με τα λάφυρα των προηγούμενων αναμετρήσεων, στοιχίζοντας ζωές και πολύτιμο χρόνο στους Ναζί. Όταν ο εχθρός ενισχύθηκε με εφεδρείες και κατέστη σαφές ότι περαιτέρω αντίσταση θα ήταν μάταιη, οι Έλληνες αμυνόμενοι αποσύρθηκαν στα βουνά. Οι Γερμανοί κατόρθωσαν να διασχίσουν το φαράγγι και να φτάσουν στην Παλαιόχωρα, οι σύμμαχοι όμως είχαν προλάβει να διαφύγουν.

Η αυλαία της Μάχης της Κρήτης έπεσε την 1η Ιουνίου, με την παράδοση 5.000 μαχητών στα Σφακιά.

Μια μέρα αργότερα, με εντολή του Γκέρινγκ ξεκινά η ανείπωτη σφαγή στην Κάνδανο. Προηγείται ο ανελέητος βομβαρδισμός του χωριού και ακολουθεί η εισβολή του πεζικού. Έξι ηλικιωμένοι εκτελούνται επί τόπου στην είσοδο του χωριού – προάγγελος του ολοκαυτώματος. Λίγο πριν από την Κάνδανο, στον Κακόπετρο, γερμανικό απόσπασμα εισβάλλει μέσα σε αγροτόσπιτο και σκοτώνει πέντε ανυπεράσπιστες γυναίκες και ένα νήπιο.

Την επόμενη ημέρα, 3 Ιουνίου, οι Ναζί συγκεντρώνουν κατά ομάδες τους κατοίκους και αρχίζουν οι εκτελέσεις. Οι περίπου 180 κάτοικοι της Κανδάνου δολοφονούνται, τα σπίτια τους πυρπολούνται, ακόμα και τα ζώα τους σφάζονται. Η Κάνδανος ισοπεδώνεται ολοσχερώς – η διαταγή είναι να εξαφανιστεί από το χάρτη – και μετατρέπεται σε «νεκρή ζώνη». Η κτηνωδία ακολουθείται από την εντολή να μην επιστρέψει κανείς στο χωριό κατά τη διάρκεια της κατοχής.

Η Κάνδανος κατέχει τη δραματική πρωτιά στην ιστορία, να είναι το μέρος όπου για πρώτη φορά ελήφθη απόφαση για εκθεμελίωση ολόκληρου οικισμού. Πρόκειται παράλληλα για μία από τις λίγες περιπτώσεις εγκλημάτων πολέμου, όπου ο θύτης όχι μόνον αναγνωρίζει το έγκλημά του, αλλά το προπαγανδίζει προς παραδειγματισμό των υπολοίπων. Το μένος των κατακτητών είναι τέτοιο που αφήνουν γραπτές αποδείξεις της θηριωδίας τους, τρεις επιγραφές – μοναδικά ιστορικά μνημεία σε όλη την Ευρώπη, που αναδεικνύουν το μέγεθος της αντίστασης που συνάντησαν και τη σκληρότητα των αντιποίνων.

Οι δύο πινακίδες – επιγραφές τοποθετήθηκαν στις εισόδους της Κανδάνου από Χανιά και Παλαιόχωρα. Η τρίτη, που είναι από μάρμαρο, μεταφέρθηκε στην Κάνδανο το 1943, προοριζόμενη προφανώς για το μνημείο που θα κατασκεύαζαν οι Γερμανοί. Είναι γραμμένες στα ελληνικά και τα γερμανικά.

H πρώτη αναφέρει: «Δια την κτηνώδη δολοφονίαν Γερμανών αλεξιπτωτιστών, αλπινιστών και του μηχανικού από άνδρας, γυναίκας και παιδιά και παπάδες μαζi και διότι ετόλμησαν να αντισταθούν κατά του μεγάλου Ράιχ, κατεστράφη την 3-6-1941 η Κάνδανος εκ θεμελίων, διά να μην επαναοικοδομηθεί πλέον ποτέ».

Η δεύτερη αναφέρει: «Ως αντίποινων των από οπλισμένων πολιτών ανδρών και γυναικών εκ των όπισθεν δολοφονηθέντων Γερμανών στρατιωτών κατεστράφη η Κάνδανος».

Και η τρίτη (μαρμάρινη) χρησιμοποιεί αόριστο χρόνο για να υποδηλώσει την ύπαρξη του χωριού. «Εδώ υπήρχε η Κάνδανος. Κατεστράφη προς εξιλασμόν της δολοφονίας 25 Γερμανών στρατιωτικών…»

Σήμερα η Κάνδανος, ή Κάντανος για τους ντόπιους, είναι μια μικρή κωμόπολη με περίπου 1000 κατοίκους. Κάθε 3η Ιουνίου διενεργούνται εκδηλώσεις μνήμης του ολοκαυτώματος, το πρώτο τέτοιας μορφής στην κατεχόμενη Ευρώπη επί Β’ Παγκοσμίου Πολέμου.