Η ιαπωνική πόλη Ναγκασάκι (ιαπωνικά: 長崎市, Nagasaki-shi) είναι, με 455.156 κατοίκους το 2006, η μεγαλύτερη πόλη και πρωτεύουσα του ομώνυμου νομού της Ιαπωνίας. Παλαιότερα ήταν τμήμα του διαμερίσματος Νισισονόγκι.
Το Ναγκασάκι είναι περισσότερο γνωστό ως η δεύτερη (και τελευταία) πόλη στην Ιστορία που βομβαρδίστηκε με ατομική βόμβα (ορθότερα: πυρηνική βόμβα), κατά τον Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο (1945) από τις ΗΠΑ, μόλις τρεις ημέρες μετά τη Χιροσίμα.
Η έκταση του Ναγκασάκι είναι 406,35 τετρ.km, οπότε η μέση πυκνότητα πληθυσμού είναι 1.120 κάτοικοι ανά τετρ.km. Δήμαρχος του Ναγκασάκι ήταν ο Itchō Itō μέχρι τις 17 Απριλίου 2007, οπότε υπέκυψε στα τραύματά του έπειτα από δολοφονική επίθεση σε ηλικία 61 ετών. Τον διαδέχθηκε ο Τομιχίσα Ταουέ.
Η πόλη υπήρξε κέντρο της ευρωπαϊκής επιρροής στη φεουδαρχικήΙαπωνία, από την πρώτη επαφή των Ιαπώνων με τους Ευρωπαίους μέχρι και τον εκσυγχρονισμό της χώρας τον 19ο αιώνα. Εξελίχθηκε σε μεγάλη βάση του ιαπωνικού ναυτικού κατά τον πρώτο Σινοϊαπωνικό Πόλεμο και τον Ρωσοϊαπωνικό Πόλεμο.
Στις 9 Αυγούστου 1945, στο Ναγκασάκι ρίφθηκε η δεύτερη πυρηνική βόμβα της Ιστορίας, μία βόμβα πλουτωνίου, στις 11:02 π.μ., που κατέστρεψε το βόρειο τμήμα της πόλεως και σκότωσε άμεσα γύρω στους 40.000 ανθρώπους. Σύμφωνα με στατιστικές, ο τελικός απολογισμός ήταν 73.884 νεκροί, 74.909 τραυματίες και 120.820 ασθενείς (προσβληθέντες από τη ραδιενέργεια).
Μετά τον πόλεμο το Ναγκασάκι ξαναχτίστηκε, αλλάζοντας δραστικά την παλιά του εμφάνιση. Νέοι ναοί, ακόμα και χριστιανικοί, αναγέρθηκαν, αφού η παρουσία του Χριστιανισμού αυξήθηκε. Το Ναγκασάκι είναι η έδρα Ρωμαιοκαθολικής Αρχιεπισκοπής (αρχιεπίσκοπος σήμερα είναι ο Joseph Mitsuaki Tagami). Κάποια από τα ερείπια του βομβαρδισμού διατηρήθηκαν ως μνημείο, ανάμεσά τους μία πύλη και μία αψίδα. Υψώθηκαν και νέα μνημεία, όπως το «Μουσείο Ατομικής Βόμβας του Ναγκασάκι». Ο χαρακτήρας πάντως του Ναγκασάκι ως πρωταρχικά λιμανιού, που υποστηρίζει τη ναυτική οικονομία, παραμένει.
