Η Πολιορκία της Βαρνάκοβας του 1826 ήταν ένα από τα πολεμικά επεισόδια της Επανάστασης του 1821. Μετά την Έξοδο του Μεσολογγίου, τον Απρίλιο του 1826, ο Γεώργιος Καραϊσκάκης, αν και ασθενής, προέβαλλε αντίσταση όσο μπορούσε στην περιοχή, στέλνοντας αποσπάσματα επαναστατών σε επίκαιρες θέσεις εναντίον του περάσματος του Κιουταχή.
Έτσι, απέστειλε και 150 επίλεκτους άνδρες, με αρχηγούς τους οπλιτάρχες Ιωάννη Φραγκίστα, Τριαντάφυλλο (Αποκουρίτη) και Καστανιώτη[1], στην Μονή Παναγίας Βαρνάκοβας.
Σε απάντηση, ο Κιουταχής έστειλε τον περιώνυμο Μουστάμπεη και τον Κεχαγιάμπεη με πολλούς Τουρκαλβανούς (αναφέρεται δύναμη 4.000 ανδρών). Στόχος των Τούρκων ήταν να καταλάβουν τη Μονή (όπου είχαν καταφύγει και Έλληνες μετά την Έξοδο του Μεσολογγίου) και να εγκαταστήσουν φρουρά[2].
Η πολιορκία άρχισε τα χαράματα της 20ής Μαΐου 1826, αλλά οι αλλεπάλληλες προσπάθειες των επιτιθέμενων, καθ’ όλη τη διάρκεια της ημέρας, να καταλάβουν τη Μονή, απέτυχαν με μεγάλες απώλειες σε νεκρούς και τραυματίες. Τη νύχτα αποπειράθηκαν νέα έφοδο, προσπαθώντας να εισβάλλουν στο Μοναστήρι με την κάλυψη του σκοταδιού, οι Έλληνες όμως τους απέκρουσαν, καθώς είχαν μείνει άγρυπνοι, φυλώντας φρουρά με αναμμένους ξύλινους πυρσούς και με τις φουστανέλες βουτηγμένες σε λάδι για να φωτίζεται ολόκληρος ο περίβολος της Μονής.
Ο ηγούμενος της Βαρνάκοβας, Κοσμάς Θεοχάρης, καθώς και οι ιερομόναχοι Παρθένιος, Ανατόλιος, Ιωακείμ, Κυπριανός και Καλλίστρατος, τελούσαν παρακλήσεις υπό τους ήχους της καμπάνας και των σημάντρων του ναού, ενώ την ώρα της μάχης αρπάζοντας τα όπλα έτρεχαν στους προμαχώνες του περιβόλου, όπου οι εχθροί απειλούσαν περισσότερο[2].
Η πολιορκία κράτησε ημέρες, ωστόσο οι Τούρκοι αδυνατούσαν να καταλάβουν το μοναστήρι. Ύστερα από επανειλημμένες προσπάθειες εκπόρθησης των οχυρώσεών του χωρίς επιτυχία, αποφάσισαν μυστικά να σκάψουν υπόγεια, κάτω από τη μονή, με σκοπό να την ανατινάξουν.
Το μυστικό τους προδόθηκε, όμως, στους μοναχούς από έναν Αλβανό και στις 26 Μαΐου οι πολιορκημένοι, κατόπιν συμβουλίου, αποφάσισαν έξοδο και έτσι εξόρμησαν τα μεσάνυχτα με το σπαθί στο χέρι. Σκοτώθηκαν τρεις, δύο μοναχοί και ένας λαϊκός, ενώ τραυματίστηκαν επτά, μεταξύ των οποίων και ο οπλιτάρχης Φραγκίστας στο κεφάλι.
Οι Τούρκοι κατόπιν τοποθέτησαν δυναμίτη στις υπόγειες στοές και ανατίναξαν το μοναστήρι, το οποίο όμως ανοικοδομήθηκε μετά από 5 χρόνια, το 1831, από τον Ιωάννη Καποδίστρια, ο οποίος θεωρείται δεύτερος κτήτωρ της Μονής.
