Η ιστορία είναι για τους περισσότερους άγνωστη . Όλοι πιστεύουμε ότι η τελευταία Θεία Λειτουργία στην Αγιά Σοφιά έγινε λίγες ώρες πριν από την Άλωση. Όμως υπήρξε άλλη μία την οποία την έκανε στρατιωτικός ιερέας το 1919.
O παπά Λευτέρης Νουφράκης από τις Αλώνες Ρεθύμνου, υπηρετούσε ως στρατιωτικός ιερέας στη Β΄ Ελληνική Μεραρχία, τη μία από τις δύο Μεραρχίες που συμμετείχαν στις αρχές του 1919 στο «συμμαχικό» εκστρατευτικό σώμα στην Ουκρανία, μια κίνηση του Ε.Βενιζέλου που αποτέλεσε την αρχή των δεινών του μικρασιατικού Ελληνισμού, καθώς εν συνεχεία οι Μπολσεβίκοι συμμάχησαν με τον Κεμάλ Ατατούρκ-ουσιαστικά τον διέσωσαν με χρήμα και όπλα.
Η Μεραρχία στο πλεύση προς την Ουκρανία, στάθμευσε στην Κωνσταντινούπολη.
Η Πόλη τότε βρισκόταν υπό «συμμαχική επικυριαρχία», ύστερα από το τέλος του Α΄ Παγκόσμιου Πολέμου. Μια ομάδα Ελλήνων αξιωματικών με επικεφαλής τον παπα Λευτέρη, μαζί με τον ταξίαρχο Φραντζή, τον ταγματάρχη Λιαρομάτη, τον λοχαγό Σταματίου και τον υπολοχαγό Νικολάου είχαν συμφωνήσει να βγουν στην πόλη και να λειτουργήσουν στην Αγιά Σοφιά, η οποία ήταν ακόμη τζαμί.
Η τελευταία λειτουργία στην Αγιά Σοφιά έγινε 466 χρόνια μετά την Άλωση της Πόλης το 1919 , από τον παπα-Λευτέρη Νουφράκη Κρητικό που υπηρετούσε ως στρατιωτικός ιερέας στη Β’ Ελληνική Μεραρχία. Επιβιβάστηκαν στη βάρκα ενός Ρωμιού της Πόλης και αποβιβάστηκαν στην προκυμαία.
Ο βαρκάρης τούς οδήγησε στην Αγια-Σοφιά. Η πόρτα ήταν ανοιχτή. Ο Τούρκος φύλακας κάτι πήγε να πει, όμως τον καθήλωσε στη θέση του το άγριο βλέμμα του ταξίαρχου Φραντζή. Μπήκαν μέσα με ευλάβεια κάνοντας το σταυρό τους.
Ο παπα-Λευτέρης ψιθύρισε με μεγάλη συγκίνηση: «Εισελεύσομαι εις τον οίκον σου, προσκυνήσω προς Ναόν Άγιόν σου εν φόβω…».
Εντοπίζει το χώρο στον οποίο βρισκόταν το Ιερό και η Αγία Τράπεζα. Βρίσκει ένα τραπεζάκι, το τοποθετεί σ’ εκείνη τη θέση, ανοίγει την τσάντα του, βγάζει όλα τα απαραίτητα για τη Θεία Λειτουργία, φορά το πετραχήλι του και αρχίζει. Δείτε τι ακριβώς συνέβη στο βίντεο της Μηχανής του Χρόνου: Η Αγιά Σοφιά την ώρα της λειτουργίας είχε αρκετούς Τούρκους και κάποιους Έλληνες της Πόλης που βρέθηκαν εκεί.
Παρακολουθούσαν με συγκίνηση τη λειτουργία, χωρίς να τολμούν να εξωτερικεύσουν τα συναισθήματά τους. Ένα όνειρο δεκάδων γενεών Ελλήνων έχει γίνει πραγματικότητα. Η Θεία Λειτουργία στην Αγια-Σοφιά έχει ολοκληρωθεί.
Ο παπα-Νουφράκης και οι τέσσερις αξιωματικοί είναι έτοιμοι να αποχωρήσουν και να επιστρέψουν στο πλοίο. Η Εκκλησία όμως είναι γεμάτη Τούρκους, οι οποίοι έχουν αρχίσει να γίνονται επιθετικοί.
Είναι έτοιμοι να τους επιτεθούν, όταν ένας Τούρκος αξιωματούχος παρουσιάζεται με την ακολουθία του και διατάζει να τους αφήσουν να φύγουν. Δεν ήταν σοφό, ούτε και προς το συμφέρον της πατρίδας του να σκοτώσουν πέντε Ρωμιούς αξιωματικούς μέσα στην Αγια-Σοφιά.
Ο παπα-Νουφράκης και οι άλλοι αξιωματικοί βγαίνουν από την Αγια-Σοφιά και κατευθύνονται προς την προκυμαία, όπου τους περιμένει η βάρκα. Ένας μεγαλόσωμος Τούρκος τους ακολουθεί, σηκώνει ένα ξύλο, ορμά και χτυπά τον παπα-Νουφράκη στον ώμο.
Ο ταγματάρχης Λιαρομάτης και ο λοχαγός Σταματίου τον αφοπλίζουν. Μπαίνουν στη βάρκα και σε λίγο βρίσκονται πάνω στο ελληνικό πολεμικό πλοίο. Ακολούθησε διπλωματικό επεισόδιο και οι «σύμμαχοι» διαμαρτυρήθηκαν έντονα στον Βενιζέλο, ο οποίος επέπληξε τον παπά Λευτέρη Νουφράκη.