Λήγοντος δε του Ιουνίου εξέπλευσε του Ελλησπόντου η πρώτη μοίρα του οθωμανικού στόλου υπό τον καπητανάμπεην, και την 1 Ιουλίου εισέπλευσε τον λιμένα του Νεοκάστρου· συνίστατο δε εκ 2 δικρότων και 20 φρεγατών, κορβεττών και βρικίων. Την δε τελευταίαν ημέραν του Ιουνίου εξέπλευσε και η δευτέρα μοίρα υπό τον καπητάμπασαν· συνίστατο και αύτη εκ 2 δικρότων, 27 φρεγατών και κορβεττών, και 7 βρικίων, και εσκόπευε να παραλάβη επί των παραλίων της Ασίας στρατεύματα και να τα ρίψη εις την Σάμον.
Εις ματαίωσιν των σχεδίων τούτων και επί τη θερμή αιτήσει των Σαμίων, υποσχεθέντων εν μέρει την αναγκαίαν μισθοδοσίαν, εξέπλευσαν περί την 10 Ιουλίου των λιμένων Ύδρας και Σπετσών 33 πολεμικά και 8 πυρπολικά υπό τον Κολανδρούτσον και Σαχτούρην, και την 14 έφθασαν έξω της Σάμου, και συνήντησαν 14 του τουρκικού στόλου· αλλ’ ουδ’ εναυμάχησαν ουδ’ εκανονοβολήθησαν την ημέραν εκείνην· ησύχασαν και την επαύριον· δύο ώρας δε μετά την δύσιν του ηλίου ηκροβολίσθησαν υπό το Κωρύκιον, και έρριψαν οι Έλληνες εις δύο φρεγάτας δύο πυρπολικά, το του Μουσού και το του Σπαή, και παρ’ ολίγον να τας καύσωσι· τόσον δε τα πληρώματα των φρεγατών εφοβήθησαν, ώστε πολλοί ερρίφθησαν εις την θάλασσαν, και οι μεν επνίγησαν, οι δε συλληφθέντες εφονεύθησαν· μετά ταύτα διεχωρίσθησαν οι στόλοι.
Την δε ακόλουθον ημέραν εφάνη ολόσωμος ο εχθρικός έξωθεν της Χίου, και ιδών τον ελληνικόν υπό το Καρλοβάσι επλησίασε προ της μεσημβρίας, και εξέτεινεν υπό το ακρωτήριον, Άμπελον, την μίαν των πτερύγων του πέραν του Καρλοβασίου, και απέκλεισε δι’ αυτής, βοηθεία του πνέοντος ολίγου άνεμου, τον ελληνικόν στόλον εντός του πορθμού· μετ’ ολίγον ήρχισε να πνέη άνεμος απόγειος, ώστε τα εχθρικά πλοία, τα προ ολίγου υπερήνεμα, ευρέθησαν αίφνης υπήνεμα και ετράπησαν. Δοθέντος δε του σημείου ώρμησαν τα πυρπολικά εις αυτά φεύγοντα· ως ταχυπλοώτερον δε το του Κανάρη προέπλευσε συνοδευόμενον υπό τινων πολεμικών, και έχον έμπροσθέν του έν δίκροτον και μίαν φρεγάταν. Εν ώ δε προσήγγιζε την πρύμνην της φρεγάτας, κανονοβολούμενον και παρ’ αυτής και παρά του παραπλέοντος δικρότου, μία σφαίρα του διεπέρασε τα θαλασσεύοντα μέρη και το εβύθισεν, ο δε Κανάρης και οι ναύται εμβάντες εις το εφόλκιον ευρέθησαν εν μέσω δύο μεγάλων εχθρικών λέμβων· τρεις εφονεύθησαν και δύο επληγώθησαν, εν οίς και ο Κανάρης ελαφρώς εις την κεφαλήν και την αριστεράν χείρα. Η ναυμαχία της ημέρας εκείνης διήρκεσε μέχρι της εσπέρας, καθ’ ήν κατέπλευσεν ο εχθρικός στόλος εις Μιτυλήνην, όπου διέμεινεν αργός ολόκληρον μήνα.
