Παρόλο που αρκετά αεροσκάφη B-1 Lancer χρησιμοποιήθηκαν στην επιχείρηση Desert Shield (Ασπίδα της Ερήμου) και αργότερα στην επιχείρηση Desert Storm (Καταιγίδα της Ερήμου) στον πρώτο πόλεμο του Ιράκ το 1991, οι πρώτες πραγματικές αποστολές για τα B-1 και B-2 ήταν κατά τη διάρκεια της εκστρατείας του ΝΑΤΟ στην πρώην Ομοσπονδιακή Δημοκρατία της Γιουγκοσλαβίας.

Η επιχείρηση Allied Force (Συμμαχική Δύναμη) του ΝΑΤΟ, που συχνά λανθασμένα ονομάζεται «Merciful Angel» (Ελεήμων 'Αγγελος), ήταν η πρώτη «πραγματική» επίδειξη των δυνατοτήτων αυτών των βομβαρδιστικών. Στους βομβαρδισμούς της Γιουγκοσλαβίας εκτιμάται ότι συμμετείχαν συνολικά έξι βομβαρδιστικά Β-2 τα οποία απογειώνονταν από την αεροπορική βάση Whiteman στις ΗΠΑ. Πάνω από την Γιουγκοσλαβία έφταναν μετά από πτήση που διαρκούσε περίπου 30 ώρες. Το σμήνος αυτό έφερε την επιχειρησιακή ονομασία Noble Anvil (Ατσάλινο σφυρί). Τα αεροσκάφη Β-2 επιχειρούσαν κυρίως εναντίων στόχων στη νότια Σερβία και το Κόσοβο.

Το υπόγειο στρατιωτικό αεροδρόμιο στην Πρίστινα βομβαρδίστηκε αρκετές φορές από τα Β-2 με βόμβες μεγάλης ισχύος τύπου JDAM όπως επίσης και υπόγειες στρατιωτικές εγκαταστάσεις στην Τζακόβιτσα και το Ουρόσεβατς. Στοιχεία που διέρρευσαν από το ΝΑΤΟ το 2004 αναφέρουν ότι στη δράση των Β-2 οφείλεται η καταστροφή του 30% του γιουγκοσλαβικού πυροβολικού και των αρμάτων μάχης στο Κόσοβο και του 80% των στρατιωτικών εγκαταστάσεων στην κεντρική Σερβία.

Φήμες για κατάρριψη αεροσκάφους Β-2 το 1999

Το 2002 σε εξειδικευμένους ιστότοπους αεροπορίας, κυρίως στις ΗΠΑ, γίνονται αναφορές για κατάρριψη ενός αεροσκάφους Β-2 και συγκεκριμένα του «Spirit of Missouri» στα τέλη Μαΐου του 1999. Τα δημοσιεύματα αυτά αναφέρουν ότι το συγκεκριμένο βομβαρδιστικό καταρρίφθηκε με πυραύλους εδάφους-αέρος που εκτοξεύτηκαν από το στρατιωτικό αεροδρόμιο Batajnica στο Βελιγράδι και κατέπεσε στην Κροατία.

Παρουσιάστηκαν μάλιστα και αυτόπτες μάρτυρες που ισχυρίστηκαν ότι είδαν την πτώση του αεροσκάφους και ανέφεραν τον αριθμό του πτερυγίου. Οι φήμες αυτές είναι ακόμη επίκαιρες στις ΗΠΑ και οι «ειδικοί» σε θέματα αεροπορίας επιμένουν στην ορθότητα των πληροφοριών τους. Καμία επίσημη πηγή ωστόσο δεν επιβεβαιώνει την κατάρριψη βομβαρδιστικού Β-2 κατά τους βομβαρδισμούς της Γιουγκοσλαβίας.

Αυτό που είναι γνωστό μέχρι σήμερα και δεν αμφισβητείται, είναι μόνο η κατάρριψη του αποκαλούμενου «αόρατου» αεροσκάφους F-117 πάνω από την Βοϊβοντίνα στις 27 Μαρτίου του 1999. Το αεροσκάφος αυτό επλήγη από την γιουγκοσλαβική αεράμυνα με σοβιετικούς πυραύλους τύπου Neva και κατέπεσε έξω στο χωριό Μπουτζάνοβτσι όπου βρέθηκαν και τα συντρίμμια του.