Ένα πραγματικό έργο τέχνης η Μονή του Αγίου Αντωνίου φέρει την ευλογία του καθώς βρίσκεται χτισμένη πάνω στον ταφο του.
Ο πρώτος μοναστικός πυρήνας γύρω από τον τάφο του Οσίου Αντωνίου του Μέγα δημιουργήθηκε μεταξύ των ετών 361-363.
Η μικρή κοινότητα που έφτιαξαν οι μαθητές στην αρχή περιοριζόνταν σ’ένα εκκλησάκι, μία τράπεζα και τους βοηθητικούς χώρους. Επίσης οι πρώτοι μοναχοί συνήθιζαν να ζουν στις σπηλιές του κοντινού βουνού και μαζευόνταν τις Κυριακές για να τελέσουν την Θεία Λειτουργία.
Κατά την διάρκεια του 5ου αιώνα το μοναστήρι ήταν ένα καταφύγιο για τους ασκητές της ερήμου της Σκήτης οι οποίοι αναγκάστηκαν να εγκαταλείψουν τα κελιά τους εξαιτίας των βιαίων επιθέσεων των Βερβερινών.
Τον 7ο και τον 8ο αιώνα η μονή κατελήφθη από τους μελκίτες,οι οποίοι ήταν μη χαλκηδόνιοι,σε αντίθεση με την πλειοψηφία των αιγυπτίων οι οποίοι ανήκαν στην αίρεση του Ευτυχίου, γεγονός επιβεβαιωμένο και από το Αιθιοπικό συναξάρι.
Τον 11ο αιώνα η Αίγυπτος χτυπήθηκε από πανώλη, αλλά υπέστη και τις μεγάλες επιθέσεις των Μαμελούκων Τούρκων. Η ανακαίνιση της μονής συνεχίστηκε τα υπόλοιπα χρόνια από τους μονοφυσίτες οι οποίοι μετά από πολλές προσπάθειες κατάφεραν να καταλάβουν το μοναστήρι του Αγίου Αντωνίου.
Τον 13ο και τον 4ο αιώνα το μοναστήρι γνώρισε την μεγαλύτερη ακμή. Η τέχνη και η λογοτεχνία γνωρίζουν μεγάλη άνθηση. Οι αγιογραφίες του ναού χρονολογούνται από αυτήν την εποχή(1232-1233).
Μετάξυ των πολυάριθμων αντιγράφων και μεταφράσεων των χειρογράφων θα θυμίσουμε την εργασία του μοναχού Συμεών ο οποίος μετέφρασε στα αιθιοπικά το Αιθιοπικό Συναξάρι το οποίο αρχικά είχε γραφεί στα αραβικά.
Τον 15ο αιώνα ο ηγούμενος της μονής αντιπροσώπευσε την κοπτική εκκλησια στην Σύνοδο της Φερράρα -Φλορέντσα (1438-1445) όπου έγινε η αποτυχημένη προσπάθεια για ένωση με τους παπικούς.
Αυτή η περίοδος άνθησης έλαβε τέλος κατά το τέλος του 15ου αιώνα, όταν οι βεδουίνοι επιτέθηκαν στο μοναστήρι,σκότωσαν τους μοναχούς και κατέστρεψαν τα κτίρια. Η εκκλησία μετατράπηκε σε κουζίνα και τα σπάνια χειρόγραφα χρησιμοποιούνταν για να ανάβουν την φωτιά.
Μερικά χρόνια αργότερα η μονή ανακαινίσθηκε με προσπάθειες του πατριάρχη Γαβριήλ του VII (1525-1568).
Κατά την διάρκεια των αιώνων η μονή έπαιξε σημαντικό ρόλο στην ιστορία της κοπτικής εκκλησίας.
