Παρά το γεγονός ότι η Σάμος κήρυξε την Επανάσταση το 1821 παραμένοντας υπό ελληνική διοίκηση καθ’ όλη τη διάρκειά της, δεν περιλήφθηκε στις επαρχίες του νεοσύστατου ελληνικού κράτους. Τον Δεκέμβριο του 1832 δημοσιεύθηκε ο «Προνομιακός Χάρτης», ο οποίος ρύθμιζε το καθεστώς του νησιού. Σύμφωνα με τις διατάξεις του, η Σάμος αναγνωριζόταν ως αυτόνομη ηγεμονία, φόρου υποτελής στον σουλτάνο. Τη διακυβέρνησή της αναλάμβανε ένας χριστιανός διοικητής, ο οποίος θα διοριζόταν από τον σουλτάνο.

Σύμφωνα με την , Το καθεστώς της Σάμου παρέμεινε σχετικά ίδιο έως την ένωση της νήσου με την Ελλάδα. Η Υψηλή Πύλη είχε την απόλυτη ελευθερία να διορίζει και να παύει τους ηγεμόνες της Σάμου, γεγονός το οποίο προκαλούσε συχνά κρίσεις. Στα τέλη του 1907 η φιλελεύθερη ομάδα της Σαμιακής Συνέλευσης με επικεφαλής τον νέο τότε πολιτικό Θεμιστοκλή Σοφούλη εκδήλωσε την αντίθεσή της στην πολιτική που εφάρμοζε η Πύλη στο νησί διά του ηγεμόνα της Ανδρέα Κοπάση. Η κατάσταση εκτραχύνθηκε και ξέσπασαν ένοπλες ταραχές. Ο Κοπάσης κάλεσε τότε την Πύλη να αποστείλει ενισχύσεις στο νησί.

Στις 12 Μαΐου 1908 αποβιβάστηκαν στη Σάμο περίπου διακόσιοι Οθωμανοί στρατιώτες, προκειμένου να ενισχύσουν την τοπική φρουρά στην αντιμετώπιση των ταραχών. Λίγες ημέρες αργότερα αποβιβάστηκαν στο νησί ακόμα τέσσερις χιλιάδες άνδρες, οι οποίοι κατέλαβαν νευραλγικές θέσεις και κτίρια στην πρωτεύουσα της Σάμου, το Βαθύ. Το αυτόνομο καθεστώς της Σάμου ουσιαστικά καταλύθηκε έπειτα από την επέμβαση των οθωμανικών δυνάμεων, οι οποίες επέτρεψαν τον Κοπάση να εγκαθιδρύσει ένα προσωπικό καθεστώς. Οι κύριες αντιπολιτευτικές φωνές, συμπεριλαμβανομένου του Σοφούλη, εγκατέλειψαν τη Σάμο και εγκαταστάθηκαν στην Ελλάδα. Ο Κοπάσης παρέμεινε στην εξουσία έως τη δολοφονία του, στις 9 Μαρτίου 1912, από τον Μακεδόνα Σταύρο Μπαρέτη, ο οποίος ακολουθούσε εντολές των αυτοεξόριστων Σάμιων των Αθηνών. Στη συνέχεια, την ηγεμονία της Σάμου ανέλαβε ο Γρηγόριος Βεγλερής.

Τον Σεπτέμβριο του 1912 ο Σοφούλης αποβιβάστηκε στον Μαραθόκαμπο της Σάμου συνοδευόμενος από μια ομάδα ενόπλων, κυρίως Κρητικών και Ικαριωτών, η οποία ενισχύθηκε από πολλούς ντόπιους Σάμιους. Το κίνημα του Σοφούλη ευνοήθηκε αρκετά από τον ιταλο-οθωμανικό πόλεμο που μαινόταν εκείνη την περίοδο. Οι Ιταλοί είχαν αποκλείσει τα μικρασιατικά παράλια, κάνοντας αδύνατη την αποστολή ενισχύσεων για την κατάπνιξη του κινήματος του Σοφούλη. Επιπλέον, ιταλικά πλοία βούλιαξαν ένα πλοίο της οθωμανικής ακτοφυλακής, το οποίο βρισκόταν στο λιμάνι του Βαθέος.

Οι Έλληνες αγωνιστές κατάφεραν να αποκρούσουν αρκετές επιθέσεις των οθωμανικών στρατευμάτων. Στις 23 Σεπτεμβρίου οι Οθωμανοί στρατιώτες εγκατέλειψαν τη Σάμο και μετέβησαν στη Μικρά Ασία. Την επομένη οι Σάμιοι εξέλεξαν αντιπροσώπους για τη σύγκληση της Σαμιακής Συνέλευσης. Η Συνέλευση εξέλεξε πρόεδρο τον Σοφούλη, παραχωρώντας του τη διαχείριση των υποθέσεων της Σάμου.

Περίπου έναν μήνα μετά την έκρηξη των Βαλκανικών Πολέμων, στις 11 Νοεμβρίου 1912, η Συνέλευση κήρυξε την «Ένωσιν της Σάμου μετά του Ελευθέρου Ελληνικού Βασιλείου όπως αποτελέση μετ’ αυτού εν αδιαίρετον και ενιαίον Ελληνικόν Κράτος» καλώντας την ελληνική κυβέρνηση και τον βασιλιά Γεώργιο Α΄ να αποδεχθούν το ψήφισμά της. Καθώς, όμως, η έκβαση των πολεμικών και ιδιαίτερα των ναυτικών επιχειρήσεων δεν είχε ακόμα κριθεί, η ελληνική πλευρά δεν απάντησε αμέσως στο ψήφισμα των Σαμίων. Οταν φάνηκε ότι ο αγώνας στη θάλασσα κρίθηκε υπέρ του ελληνικού στόλου, η ελληνική κυβέρνηση απέστειλε στη Σάμο το θωρηκτό «Σπέτσαι» συνοδευόμενο από άλλα πλοία του στόλου. Στις 2 Μαρτίου 1913 οι Έλληνες στρατιώτες που επέβαιναν στα πολεμικά πλοία αποβιβάστηκαν στο Βαθύ, όπου έγιναν δεκτοί με ενθουσιασμό από τον τοπικό πληθυσμό.